Las orientaciones de la Comisión establecen como objetivo para el capítulo B, centrado en la cooperación transnacional, "fomentar la cooperación transnacional entre autoridades nacionales, regionales y locales a fin de promover un mayor grado de integración territorial en el seno de grandes agrupaciones de regiones europeas con el objetivo de contribuir a un desarrollo duradero, armonioso y equilibrado en el seno de la Comunidad, y a una mejor integración territorial con los países candidatos y los otros países vecinos".

La comunicación establece asimismo en el marco de Interreg III B la posibilidad de que las ayudas vayan destinadas a fomentar la cooperación integrada de las regiones ultraperiféricas. En este caso, los programas de cooperación deberán:

• Fomentar una mejor integración y cooperación económica entre estas regiones, así como entre ellas y los otros Estados miembros, y
• Mejorar los vínculos y la cooperación con los terceros países limítrofes.

El espacio de cooperación del Programa de la Macaronesia agrupa las regiones insulares ultraperiféricas de Azores y Madeira en Portugal y Canarias en España. Asimismo se contempla la posibilidad de ampliar el ámbito de cooperación a los terceros países limítrofes que enmarcan geográficamente las regiones ultraperiféricas que componen el espacio del programa, es decir determinados países de África noroccidental (Marruecos, Mauritania, Senegal y Cabo Verde) y América Latina.

Este Programa se ha estructurado en cinco ejes prioritarios de actuación desarrolladas en distintas medidas descritas en el Complemento de Programación.

A continuación se presenta una lista de objetivos estratégicos prioritarios por eje, fijados por las autoridades responsables del Programa en base a las características específicas de la zona de cooperación señaladas en el diagnóstico socioeconómico llevado a cabo, así como en consonancia con las orientaciones de la Comunicación de la Comisión para INTERREG III B y las prioridades establecidas en la PEOT (Perspectiva Europea de Ordenación Territorial, también denominada Estrategia Territorial Europea ).