O pagamento da ajuda aprovada aos projectos realizar-se-á exclusivamente através do reembolso das despesas efectivamente pagas e de acordo com o circuito e os modelos de certificação de despesas e os pedidos de pagamento, que estabelece o Guia para a Certificação de Despesas aprovado pelo Programa.

No âmbito do Programa, as despesas elegíveis são as que respeitam, indispensavelmente, o conteúdo do Regulamento (CE) nº 448/2004 da Comissão, de 10 de Março de 2004, que modifica o Regulamento 1685/2000, que estabelece as disposições de aplicação do Regulamento (CE) nº 1260/1999, do Conselho, relativo ao financiamento de despesas de operações co-financiadas pelos Fundos Estruturais. A data de elegibilidade das despesas decide-se para cada convocatória e respeitando sempre o acordado no seio do partenariado do projecto.

Quando cada parceiro do projecto (Chefe de Fila e parceiros) tenha efectuado pagamentos num valor considerável (6.000 € aproximadamente), elaborará e enviará ao Interlocutor Regional da sua região uma declaração de despesas pagas. O Interlocutor Regional analisará e validará as declarações, que enviará ao Chefe de Fila. Entre as obrigações do Chefe de Fila encontra-se a elaboração e o envio ao Secretariado Técnico Comum dos pedidos de pagamento com os montantes validados da sua entidade e dos parceiros de acordo com a respectiva percentagem de reembolso.

Todos os reembolsos aos projectos efectuar-se-ão na conta bancária indicada pelo Chefe de Fila no formulário de candidatura e o Chefe de Fila repartirá, num prazo máximo de duas semanas, a quantidade recebida pela Autoridade de Pagamento.